1998年2月,我国某公司与巴西商人签订了一份进口玉米的合同。合同规定,商品品质要求玉米不得生虫或霉变,价格为CFR上海每公吨250美元,商品数量为5000公吨,5~6月装运3000公吨,7~8月装运2000公吨,结算方式为不可撤销即期跟单信用证。同年6月份,鉴于市场变化,双方在上海对合同进行了修改,把后2000公吨的价格每公吨降低5美元。但并没有修改信用证。当货物装运后,对方备齐单据向我方提示付款,银行以单证不符拒绝付款。后我方电告对方,可以用80%的货款赎单,但要求取消另外的2000公吨玉米,对方拒绝。后在货物到达上海港时,对货物进行检验,发现有生虫和霉变,于是我方向对方提出索赔,并拒付剩余20%货款和取消2000公吨玉米,对方认为双方签订的是CFR合同,索赔和付款应分开进行,要求我方先付清20%货款和利息,赔偿2000公吨玉米合同的损失,双方为此争论不休,后诉诸法院。请问:你认为法院会如何处理此问题?理由何在?