甲会计师事务所2010年2月11日接受X公司委托,对其2009年度财务报表进行审计,注册会计师在审计过程中发现如下事项 : (1)实收资本与验资报告及营业执照不一致; (2)被投资企业Y为海外公司,X公司股权份额的40%,累计确认投资收益900万元,其中本年度确认300万元,注册会计师无法获取Y企业的财务报表; (3)X公司2008年1月1日对Z公司进行股权投资,股权份额的70%,但X公司按照权益法对Z公司进行核算。 (4)X公司2009年度财务报表附注中披露的长期股权投资明细如下: 被投资单位 投资期限 初始金额 (元) 股权 比例 2009年12月31日账面价值(元) A公司 2005年8月-2010年7月 150000000 5% 150000000.00 B公司 2001年7月-2011年6月 300000000 30% 26287375.39 C公司 永久 300000000 40% 56478987.25 D公司 2005年9月─2015年8月 1000000000 35% 157267089.78 合计 - 1700000000 - 255033452.42 要求:请根据审计准则和会计准则的有关规定,检查并指出注册会计师应当如何处理?